В случае отказа работника от прохождения вакцинации без уважительной причины работодатель имеет право отстранить его от работы без сохранения зарплаты или перевести на удаленный режим работы, при возможности Министерством труда и социальной защиты Российской Федерации и Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека подготовлены разъяснения по организации вакцинации в организованных рабочих коллективах (трудовых коллективах) и порядку учета процента вакцинированных Указано, что профилактическая прививка против новой коронавирусной инфекции (далее — COVID-19) внесена в календарь профилактических прививок по эпидемическим показаниям (приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 09.12.2020 N 1307н). В постановлениях главных государственных санитарных врачей субъектов Российской Федерации определены категории (группы) граждан, так называемых «групп риска», которые по роду своей профессиональной деятельности сталкиваются с большим количеством людей, и должны пройти вакцинацию.

При вынесении подобных постановлений граждане, подлежащие вакцинации, вправе отказаться от прививок, но в этом случае они должны быть отстранены от выполняемых работ на период эпидемиологического неблагополучия. В данных постановлениях также указано, что вакцинация не распространяется на лиц, имеющих противопоказания к профилактической прививке против COVID-19. Противопоказания должны быть подтверждены медицинским заключением.

Граждане, юридические лица, индивидуальные предприниматели обязаны выполнять требования санитарного законодательства, а также постановлений, предписаний должностных лиц, осуществляющих федеральный государственный санитарно-эпидемиологический надзор (статьи 10, 11 Федерального закона N 52-ФЗ). Работодателям даны рекомендации по организации работы в условиях продолжающейся пандемии.. Согласно разъяснениям, работодателю необходимо, в числе прочего:
 определить перечень работников, которые относятся к группе (категории) работников, подлежащих вакцинации по постановлению Главного государственного санитарного врача по субъекту РФ;
 организовать прохождение вакцинации работниками централизовано или обеспечить работникам возможность в течение рабочего времени пройти вакцинацию самостоятельно с сохранением за работником заработной платы в период отсутствия на рабочем месте в связи с вакцинацией;
 в случае отсутствия документального подтверждения прохождения работником вакцинации к установленному сроку работодателю необходимо издать приказ об отстранении работника без сохранения заработной платы в случае отказа работника пройти вакцинацию без уважительной причины (при отсутствии сведений о противопоказаниях к вакцинации);
 в случае, если трудовая функция может быть выполнена дистанционно, работодатель вправе предложить работнику выполнение работы дистанционно либо по собственной инициативе работника временно перевести его на дистанционную работу. Таким правом можно воспользоваться в отношении работников, имеющих противопоказания к проведению профилактической прививки.